(Veszprém, 1870. július 23. – Budapest, 1950. július 5.) író, földrajztudós, tanár, az MTA tagja.

Cholnoky Viktor (magyar író, újságíró, műfordító) öccse és Cholnoky László (író) bátyja volt. Középiskoláit Veszprémben és Pápán végezte. Érdeklődése már ebben a korban a földrajzra irányult, gimnazista korában írta első „földrajzkönyveit”. Apja azonban nem a Tudományegyetemre, hanem a Műegyetemre íratta be, mondván: a tanárok mind szegények. Egyetemi tanulmányait Budapesten végezte, előbb a Műegyetem vízépítési szakán, később filozófiai doktorátust szerzett.

A Műegyetem vízépítési tanszékén kapott tanársegédi állást Klimm Mihály professzor mellett. Közben megismerkedett Lóczy Lajossal, az akkor már világhírű földrajztudóssal és Ázsia-kutatóval, aki 1894-ben meghívta őt maga mellé asszisztensnek a Tudományegyetem földrajzi tanszékére.

Lóczy Lajos ajánlására 1896-ban szerény ösztöndíjjal Kínába ment tanulmányútra. Mestere azzal a feladattal bízta meg, hogy tanulmányozza a Kína-alföld nagy folyóinak deltavidékét, derítse fel a Sárga-folyó és a Jangce mederváltozásainak okait, körülményeit. Utazása közel két évig tartott, ezalatt feldolgozta a deltavidékek hidrográfiáját, felfedezett egy nagy lávamezőt Mandzsúriában, és a néprajztudomány számára is értékes anyagot gyűjtött. Naplója 1235 rajzot tartalmaz, köztük sok vízépítmény és különféle mérnöki pontosságú ábrázolás.

Kínából hazatérve adjunktussá léptették elő. A mérnöki diplomája mellé megszerezte második doktori oklevelét, és nem sokkal később a leíró földrajz magántanárává habilitálták.

Feleségül vette Barrois Petronellát. Három gyermekük született: Béla, Tibor és Ilona. Bélából a botanika híres tudósa, Tiborból Kossuth-díjas műegyetemi tanár lett.

1905-ben a kolozsvári Tudományegyetemre nyilvános rendes tanárnak nevezték ki, és megbízták a tanszék vezetésével. 15 évet töltött Kolozsváron, magas színvonalra emelte az egyetemi oktatást, közben részletesen tanulmányozta és leírta Erdély természeti viszonyait. 1919-ben a románok bevonulása után menekülnie kellett Kolozsvárról. Budapesten földrajzi szakértőként beosztották a béketárgyalásokat előkészítő bizottságba.

1920-ban az MTA levelező tagjává választotta, a következő évben pedig kinevezték a budapesti Tudományegyetem tanszékvezető tanárává. Kifosztott, elhanyagolt tanszéket örökölt elődjétől, Czirbusz Gézától, de kitartó munkával újra nemzetközi színvonalra emelte a hazai földrajzoktatást.

Tanítványai sorából olyan kiváló professzorok emelkedtek ki mint Bulla Béla, Kéz Andor, Szabó Pál Zoltán, Kádár László. Hetvenéves volt, amikor 1940-ben nyugállományba vonult. Otthonában szakadatlanul dolgozott tovább, 80 éves korában bekövetkezett haláláig.

Cholnoky Jenő a magyar geográfia legnagyobb tudósainak egyike. Hunfalvy János és Lóczy Lajos munkásságának folytatója. Tudományos kutatásainak területe tág határok között mozgott, a geográfián kívül maradandót alkotott a hidrológiában és a klimatológiában is.

A természeti földrajzon belül elsősorban a felszínalaktant (geomorfológia) művelte. Mintegy 50 könyvet adott ki, továbbá 700 különféle tudományos dolgozata és népszerű cikke jelent meg.

Úttörőként vett részt a Balaton tudományos tanulmányozásában, szerkesztette a "Balatoni szemle" című lapot.

Szerte az országban több ezer népszerű földrajzi előadást tartott. Ő vetített először színes diaképeket Magyarországon, amelyeket maga állított elő fekete-fehér diapozitívok átfestésével. A mérnöki pontosságú szakmai rajzokon kívül mesteri grafikákat készített és művészi tájképeket festett.