A Kis-Balaton madártani szempontból országos és nemzetközi viszonylatban kiemelkedő terület, a Ramsari Egyezmény hatálya alá tartozó, nemzetközi jelentőségű madárélőhely. Az élőhely jellegéből adódóan elsősorban a vizek, vízpartok madárvilága rendkívül gazdag, de - főleg vonulási időszakban - a környező erdőfoltokat, bokorcsoportokat, szántókat is sok faj felkeresi.
Az eddig megfigyelt madárfajok száma 232, ezek közül 110 faj fészkel is a területen.
A fokozottan védett fajokból 27 faj észlelhető rendszeresen. A teljesség igénye nélkül megemlíthető közülük a nagy kócsag (Egretta alba), a kis kárókatona (Phalacrocorax pygmeus), a cigányréce (Aythya nyroca), és legnagyobb ragadozómadár fajunk, a rétisas (Halliaetus albicilla) is.
Az emlősök közül a vidrának (Lutra lutra) jelentős állománya él itt. További ritka, védett fajok az északi vagy patkányfejű pocok (Microtus oeconomus), a csalitjáró pocok (Microtus agrestis), a nyuszt (Mustela martes) és a hermelin (Mustela erminea).
A Kis-Balaton hüllő- és kétéltűfaunája igen gazdag, valamint fontos táplálkozóterülete a denevéreknek is. A védett halfajok közül pl. a lápi póc (Umbra krameri) és a réti csík (Misgurnus fossilis) tömegesen fordul itt elő. Ízeltlábú faunája is gazdag, értékes mocsári fajokból áll. A nemzeti park szitakötőfajokban leggazdagabb területe itt található, 41 fajt, közülük 13 védettet fedeztek fel a kutatók.
A Kis-Balaton nádrengetegei nyílt víztükrökkel, mocsárrétekkel, magassásosokkal, zsombéksásosokkal, fűz- és égerligetekkel, bokorfüzesekkel váltakoznak. Botanikai ritkaságai közé tartozik a világ legkisebb virágos növénye, a vízidara (Wolffia arrhiza); a csak nagykiterjedésű lápvidékeken előforduló, igen ritka, védett lápi csalán (Urtica kioviensis), valamint számos orchideafaj is. Kiemelt érték továbbá a kis holdruta (Botrychium lunaria), a gázló (Hydrocotyle vulgaris) és a kálmos (Acorus calamus).
Geomorfológiailag, de főleg geológiai szempontból kevésbé látványos ez a lápos, mocsaras vidék. Kialakulása azonban szorosan kötődik a Balaton történetéhez; annak legnyugatibb részmedencéjeként a pleisztocénben süllyedt be, majd napjainkra szinte teljesen feltöltődött a Zala hordalékával.
A Föld természetes élőhelyei közül a vizes-nedves területek fogyatkozása természetvédelmi szempontból fenyegető jelenség. A Kis-Balaton szerencsére megőrizte ezt a típusú élőhelyet, a rá jellemző Európa-szerte ismert élővilággal együtt.
A Kis-Balaton fokozottan védett területe csak külön belépési engedéllyel, a Nemzeti Park Igazgatóság által biztosított szakvezetővel látogatható. Azon látogatók számára, akik a szakvezetést nem igényelnek, lehetőségük nyílik más helyszínen látogatást tenni, ahol bemutatóhelyeket és tanösvényt vehetnek igénybe.
