A tatárjárás után IV. Béla a Balaton egyik szigetét (Szigligetet) a pannonhalmi apátságnak adta, hogy ott kővárat építsen. Favus apát két év alatt a várat fel is építette (1260-62), amely annyira megtetszett a királynak, hogy az 1262-ben a nyitrai Debréte a somogyi Alma és a zalai Bak birtokokért elcserélte.
Ettől kezdve, mint királyi várat a Pok nemzetséghez tartozó Mórichidai családra bízta. 1300-ban kezdett a vár alatt,a mai falu helyén egy új település kialakulni, melyet a XV. század elején Újfalunak vagy Szigligetnek neveznek. A Móriczhidai család ezután még mintegy száz évig birtokos Szigligeten, és feltehetően ebben az időben kerülhetett sor a vár jelentősebb bővítésére.
A Mórichidaiak 1424-ben kölcsönös örökösödési szerződést kötöttek a Laczk családdal, és bár a család nem halt ki, I.Ulászló Szigligetet 1441-ben a Lack családdal rokon Némai Kolos Jeromosnak adományozta. 1445-ben az országbíró a várat mégis Újlaki Miklósnak adja át. A vár ezek után egészen 1524-ig az Újlaki család birtokában marad. Újlaki Lőrinc herceg halála után a leányági örökösök tiltakozása ellenére a várat a királytól a tóti Lengyel család szerzi meg 1525-ban.
A mohácsi csata után I. Ferdinánd a Szapolyai Jánoshoz csatlakozó Lengyel család birtokait elkobozta, és az enyingi Török Bálintnak adományozta. A várat azonban Kulcsár István porkoláb nem akarta átadni Török Bálint familiárisának, Martonfalvai Imre deáknak, aki naplójában írta le a vár elfoglalásával kapcsolatos eseményeket. Az ostrom után Török Bálint Imre diákot nevezet ki a vár kapitányává, aki azonnal hozzálátott annak kijavításához és a középkori várnak a or harcászati követelményeinek megfelelő átalakításához. Martonfalvay először a külső várat építette ki, és az említett kutat is ásatta. A belső várban 1953-ban feltárták a kör alakú kútszerű vízgyűjtőt, melynek fenekét Martonfalvay ólomlemezekkel záratta le, nehogy a víz megszökjön belőle. Ezeknek az építkezéseknek során alakult ki a várnak az az alaprajza, melyet Giulio Turco 1569-ben készített rajzai örökítettek meg. A vár 1547 körül került vissza a Lengyel család birtokába, kapitánya Lengyel Brigitta férje, Magyar Bálint lett. Magyar Bálint 1571-ben már betegen feküdt Szigliget várában, de mégis visszaverte a török támadásokat. 1573. május 12-én kelt oklevelében Pármás János arról értesíti Nádasdy Ferencet, hogy Magyar Bálint meghalt.
1606-ban Lengyel János, 1630 körül Lengyel Boldizsár volt a várkapitánya. A vár őrsége 12 huszár,25 gyalogos és 1 tüzérből állt. Boldizsár után Gáspár a várkapitány, aki saját költségén hajókat készíttetett a török elleni védelem céljára. A hódoltság végén a még Lengyel család birtokát képező Szigliget vára elvesztette hadi jelentőségét. Javításaival senki sem törődött, így lassan pusztulásnak indult. A XVII. század végén villámcsapás következtében a vár legnagyobb része leégett, majd a még álló épületek lerombolását I. Lipót király rendelte el.
II. Rákóczi Ferenc szabadságharca idején a kuruc seregek a várat már nem használták, fokozatosan romba dőlt, köveit a lakosság építkezéseihez széthordta. A még megmaradt falakat 1931-ben, 1953-ban és 1965-66-ban erősítették meg. A vár mai formába történő felújításának munkálatai 1991-ben kezdődtek el, és a mai napig zajlik.
