A 16. század elejétől az ispánt általánosan főispánnak (supremus comes) hívták és egyre inkább örökölhető pozícióvá vált.
Az újkori magyar közigazgatásban a főispán és az alispán tisztsége elvált egymástól. Míg az előbbit a király nevezte ki, és a királyt (illetve a kiegyezés után a kormányt) képviselte, addig az alispán a nemes vármegye közönsége által választott tisztségviselő volt, és 1870-től a törvényhatóság első tisztviselőjeként működött. A megyei főispánok mellett az 1870: XLII. tc. majd az 1886: XXII. tc. törvények a thj. városok élére is főispánokat nevezett ki. Őket nevezték szabad királyi városi főispánnak. Ők voltak a kormány képviselői a városi közigazgatásban. Létezett még az örökös főispáni cím is, ez azonban csak egy titulus maradt, s többnyire valamely magas egyházi vagy politikai pozícióval járt együtt, illetve egyes családok bizonyos ágai kapták (igaz nem automatikusan, hanem királyi kinevezéssel).
