Magánkézbe került
A repülőteret a légiforgalmi irányítás és a repülőtér üzemeltetésének 2002-es szétválása után 2005-ben részlegesen privatizálták. Az irányítás a brit BAA vállalat kezébe került, amelynek részesedését 2007-ben a német HOCHTIEF AirPort vásárolta meg. 2011-ben a magyar állam is nekik adta el 25 százalékos részesedését, ezzel az üzemeltetés teljes egészében magánkézbe került. Az új tulajdonos hosszú távú fejlesztésbe kezdett, ennek eredményeként avatták fel 2011-ben a 2A és 2B terminált összekötő 28 ezer négyzetméteres SkyCourt központi csarnokot. A HOCHTIEF 2013-ban részesedését a kanadai PSP Investments nyugdíjalap befektető társaságnak értékesítette.
A budapesti repülőtér 2012. február 3-án szenvedte el története legnagyobb válságát,
amikor leállt a nemzeti légitársaság, a Malév, a tartozások és a kieső bevételek miatt az üzemeltető beruházások elhalasztására, takarékossági intézkedésekre kényszerült, bezárták az első terminált is.
A repülőtér az évet kis forgalomcsökkenéssel zárta, és két év múlva már újabb fejlesztések kezdődtek. A tízmilliós éves utasszámot 2015-ben lépték át, és a következő évben fejlesztési tervet jelentettek be. Az 50 milliárd forintos beruházás legfontosabb eleme a 2018-ban átadott új utasforgalmi épület, a 2B terminálhoz csatlakozó SkyCourt utasmóló. Idén januárban a diszkont légitársaságok utasai számára is új utasmóló nyílt és több jelentős fejlesztést is végrehajtanak.
A koronavírus-járvány terjedése miatt 2020. március 17-től a kormány a nemzetközi légiforgalmat is felfüggesztette. Bár a Liszt Ferenc Nemzetközi Repülőteret nem zárták le, a korlátozások miatt a Budapest Airport utasforgalma 99,3 százalékát vesztette el, csak az áruszállítás nem állt le. Az első újraindított járatok 2020. május 1-jén szálltak fel, a Budapest Airport az idei évre tervezett 17 millió helyett csak 10 milliós utasforgalomra számít a koronavírus-járvány miatti lezárások és a kereslet csökkenése miatt.